通过中学毕业考试的学生可按自己的意愿申请进入大学和大专院校学习，但在被录取前必须通过所申请的高等院校规定的入学考试，包括笔试和面试。斯目前的大学网由21所国立大学和2所非国立大学构成，21所国立大学中有18所民用大学，2所军事学院和1所警察学院，每一个州的州府都至少有一所大学。2000年9月，在特伦钦创办了第一所非国有大学——管理大学，创办方是美国贝利弗城市大学。在同一时期，第一所教会学校——鲁若姆贝尔克天主教大学也开始投入教学活动。在高等教育领域，国家一方面作为大学创办人，另一方面作为大学资金的主要提供者占有主导地位。尽管目前斯洛伐克高等院校面临着越来越大的自筹资金的压力，但绝大部分资金来自国家预算。